Сотрудники группы

Работы в области биоаналитики – метрологии биологического анализа – выполняются в рамках сотрудничества с ФГУП «ВНИИ метрологии им. Д.И. Менделеева». Сотрудники группы участвуют в экспертной деятельности международной Рабочей группы по анализу нуклеиновых кислот (Вонский М.С. и Рунов А.Л. - https://www.bipm.org/en/committees/cc/wg/nawg.html) и Рабочей группы по клеточному анализу (Вонский М.С. - https://www.bipm.org/en/committees/cc/wg/cawg.html) Консультативного Комитета по Количеству вещества (аналитическая химия и биология) Международного Бюро Мер и Весов. Проведенные совместные работы обеспечили успешное участие ВНИИМ им. Д.И. Менделеева в целом ряде пилотных и ключевых сличений КККВ МБМВ, результатом которых стала подача заявки на регистрацию национальных измерительных возможностей РФ в области измерения содержания ДНК в международной базе данных калибровочных и измерительных возможностей Международного Бюро Мер и Весов. Благодаря участию в сличениях нами были отработаны и верифицированы такие методики, как выделение нуклеиновых кислот из матриц биоматериала различной сложности, различающихся по содержанию карбогидратов, жиров и белков, в том числе выделение ДНК/РНК из микрообъемов материала, анализ метилирования ДНК с использованием бисульфитной конверсии, количественный мультиплексный анализ РНК с использованием ОТ-ПЦР-РВ, анализ мутаций плавлением с высоким разрешением и другие, применяемые нами для решения измерительных задач применительно к проблемам биомедицины

С нашим участием разработан и получил регистрацию Государственный стандартный образец состава ДНК сои (ГСО ГМ-СОЯ-ВНИИМ, № 9866-2011), широко используемый для государственной поверки приборов для амплификации ДНК в реальном времени. Проводимые в настоящее время в данной области работы связаны с использованием метода цифровой капельной ПЦР и созданием нового поколения ГСО, аттестованного по содержанию числа копий целевых фрагментов ДНК, в том числе для обеспечения прослеживаемости в клинической лабораторной диагностике.

Выполняемые в области клеточного анализа работы связаны с метрологической аттестацией различных методов подсчета клеток – как в суспензии, так и адгезионных культур, измерением таких показателей, как конфлюэнтность, пролиферативная активность и т.д. и также направлены на создание прослеживаемой системы измерений в данной области.

Исследование транскрипционных биомаркеров сердечно-сосудистых патологий проводится совместно со специалистами ФГБУ «НМИЦ им. В. А. Алмазова» Минздрава России. Выполнены исследования модуляции экспрессии генов в препаратах эндомиокардиальных биопсий и клетках периферической крови при миокардите, дилатационной кардиомиопатии, фиброзе и гипертрофической кардиомиопатии. Идентифицированы наборы РНК-биомаркеров дифференциально экспрессируемых в ткани сердца и клетках периферической крови при воспалительных патологиях миокарда. Выполнение данной работы потребовало адаптации целого ряда методов к работе с лимитированным количеством материала – препаратами эндомиокардиальной биопсии, определения пула адекватных референсных генов для проведения исследования с использованием метода ПЦР в реальном времени после обратной транскрипции. При исследовании экспрессии генов в ткани сердца и клетках периферической крови была обнаружена гендер-детерминированная статистически достоверная разница в профилях экспрессии целого ряда генов в препаратах биоматериала больных женского и мужского пола. По результатам данной работы готовится патентная заявка.

Совместная работа с ФГБУ «НИЦЭМ им. Н.Ф. Гамалеи» Минздрава России направлена на изучение особенностей папилломавирус-ассоциированных плоскоклеточных раков шейки матки у иммунокомпрометированных больных. Нами были исследованы формалин-фиксированные парафинизированные препараты биопсий, определен спектр ВПЧ, персистирующих в опухоли и выявлены корреляции между спектром ВПЧ и уровнем иммунокомпетентности больных. Методом ОТ-ПЦР-РВ проведен анализ экспрессии генов «белка смерти» PD1 и его лиганда PDL1 в препаратах опухоли. Показано, что с падением иммунокомпетентности падает уровень экспрессии как PD1, так и PDL1, что может затруднять проведение иммунобиологической терапии для данной категории больных. Для подтверждения выявленного падения экспрессии в опухоли иммунокомпрометированных больных выполняется лазерная диссекция слайдов для проведения исследования экспрессии непосредственно в опухолевых клетках, перитуморозной области и дистальной области слайдов биопсийного материала. Проведен анализ последовательностей геномов ряда ВПЧ16, выделенных из опухолей иммунокомпрометированных больных. Эта работа направлена, в том числе, на разработку прототипа терапевтической вакцины для данной категории больных.

Экспрессия генов, ответственных за синтез основных белков системы регуляции баланса ионов кальция в белых (m. extensor digitorum longus, EDL) и красных (m. soleus, SOL) скелетных мышцах крысы в условиях продолжительной физической нагрузки, исследована в рамках совместной работы с ФГБУН ИЭФБ РАН с использованием методов ОТ-ПЦР-РВ, иммуноблоттинга и иммунодотблоттинга. Показано, что применение экстракта зеленого чая в качестве стимулятора приводит к повышению выносливости за счет дополнительного участия в работе медленных мышц, адаптация которых сопряжена с повышением экспрессии всех исследованных генов, ответственных за регуляцию баланса ионов Са2+.

•   ФГУП «ВНИИ метрологии им. Д.И. Менделеева» (Проф. д.т.н. Конопелько Л.А., к.т.н. Кустиков Ю.А.. к.т.н. Суворов В.И., к.т.н. Осипова Л.В.)
•   ФГБУ «НМИЦ им. В. А. Алмазова» Минздрава России (Проф. д.м.н. Моисеева О.М.)
•   ФГБУ «НИЦЭМ им. Н.Ф. Гамалеи» Минздрава России (к.х.н. Исагулянц М.А.)
•   ФГБУН ИЭФБ РАН (д.б.н. Кубасов И.В., д.б.н. Гончаров Н.В.)
•   University of California San Francisco (Prof. J.Palefsky, M.D.)

2018-2015

Korf E.A., Kubasov I.V., Vonsky M.S., Novozhilov A.V., Runov A.L., Kurchakova E.V., Matrosova E.V., Tavrovskaya T.V., Goncharov N.V. 2017. Green Tea Extract Increases the Expression of Genes Responsible for Regulation of Calcium Balance in Rat Slow-Twitch Muscles under Conditions of Exhausting Exercise. Bulletin of Experimental Biology and Medicine. 164 (1):6-9. DOI: 10.1007/s10517-017-3913-9

Devonshire A.S., Sanders R., Whale A.S., Nixon G.J., Cowen S., Ellison S.L.R., Parkes H., Pine P.S., Salit M., McDaniel J., Munro S., Lund S., Matsukura S., Sekiguchi Y., Kawaharasaki M., Granjeiro J.M., Falagan-Lotsch P., Saraiva A.M., Couto P., Yang I., Kwon H., Park S.-R., Demzar T., Zel J., Blejec A., Milavec M., Dong L., Zhang L., Sui Z., Wang J., Viroonudomphol D., Prawettongsopon C., Partis L., Baoutina A., Emslie K., Takatsu A., Akyurek S., Akgoz M, Vonsky M., Konopelko L.A., Cundapi E.M., Urquiza M.P., Huggett J.F., Foy C.A. 2016. An international comparability study on quantification of mRNA gene expression ratios: CCQM-P103.1. Biomolecular Detection and Quantification, 8: 15-28

Runov A.L., Vonsky M.S., Mikhelson, V.M. 2015. DNA methylation level and telomere length as a basis for modeling of the biological aging clock. Cell and Tissue Biology, 9(4):261-264 DOI: 10.1134/S1990519X15040094

Runov A. L., Kurchakova E. V., Khaschevskaya D. A., Moiseeva O. M., Vonskii, M. S. 2015. Selection of reference genes for transcription analysis in myocarditis. Cell and Tissue Biology, 9(4), 330–335. https://doi.org/10.1134/S1990519X15040100

Stebbings R., Sutherland L., Wang J., Kammel M., Gaigalas A.K., John M., Roemer B., Kuhne M., Schneider R.J., Braun M., Engel A., Dikshit D.K., Abbasi F., Marti G.E., Sassi M.P., Revel L., S-K Kim, M-O Baradez, Lekishvili T., Marshall D., Whitby L., Jing W., Ost V., Vonsky M., Neukammer J. 2015. Quantification of cells with specific phenotypes I: Determination of CD4+ cell count per microliter in reconstituted lyophilized human PBMC prelabeled with anti-CD4 FITC antibody. Cytometry Part A, 87 (3): 244–253.

L. Wang, R. Stebbings, A. K. Gaigalas, J. Sutherland, M. Kammel, M. John, B. Roemer, M. Kuhne, R. J. Schneider, M. Braun, A. Engel, D. Dikshit, F. Abbasi, G. E. Marti, M. Sassi, L. Revel, S. K. Kim, M. Baradez, T. Lekishvili, D. Marshall, L. Whitby, W. Jing, V. Ost, M. Vonsky, J. Neukammer. 2015. Quantification of cells with specific phenotypes II: Determination of CD4 expression level on reconstituted lyophilized human PBMC labelled with anti-CD4 FITC antibody. Cytometry Part A, 87 (3): 254–261.

Рунов А., Курчакова Е., Хащевская Д., Моисеева О., Митрофанова Л., Вонский М. 2016. Экспрессия вирусных рецепторов и развитие миокардита. Медицинская вирусология. XXX(1): 39-47